accent-colorというCSSプロパティを使えば、input要素の色を変更できることしりました。
Internet Explorerは非対応ですが、モダンブラウザの最新版であれば問題なく使えるようです。
検証
ソースコード
input { accent-color: red; }
こちらのコードで、input要素のaccent-colorを赤に設定してみて、いろんなinput要素を観察してみます。
結果
チェックボックス(type="checkbox")、ラジオ(type="redio")、スライダー(type="range")の色を変更することができました。